根抵当権設定登記については、原則として極度額の1,000分の4の登録免許税が課税されますが、日本政策金融公庫が根抵当権者となる場合には非課税になります（登録免許税法第4条　別表第3-1）。

但し、法人税法 第２条第９号に規定する普通法人のうち資本金の額又は出資金の額が政令で定める金額以上の法人並びに相互会社及び外国相互会社に係る債権を担保するために受ける先取特権、質権又は抵当権の保存、設定又は移転の登記又は登録は除きます。 「政令で定める金額」は、５億円です（登録免許税法施行令第26条）。

非課税になるためには、次の「非課税証明書」を添付等する必要があります。

●個人が債務者の場合には、住民票、印鑑証明書など（6か月以内）

●法人が債務者の場合には、会社法人等番号